富士通と東大 先端研、がんの再発・転移治療薬の開発用スパコンシステムを構築
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このシステムは、富士通のブレードサーバ「PRIMERGY BX922 S2」によるPCクラスタ型のスーパーコンピュータで、300ノードで構成されている。最新のインテルXeonプロセッサーX5650をノードあたり2CPU、合計600CPU搭載し、理論ピーク性能は38.3テラフロップス。ノード間の通信を行うインターコネクトには、4GB/sの転送性能を持つネットワークインターフェースであるInfiniBand QDRを採用しており、高性能な並列演算を実現した。またストレージとして、ディスクアレイ装置「ETERNUS DX80」5台を備え、RAID6時の実効容量は1ペタバイトとなる。
このシステムは、先端研におけるがんの再発・転移を治療する「ゲノム抗体医薬品」設計のためのコンピュータシミュレーションに活用される。抗体医薬品の研究開発世代には、1990年代からの動物実験により作った抗体医薬品をヒト型化し人間に適用できる抗体をつくる「第一世代」、2000年代からのがんに直接作用して放射線などによって治療できる抗体をつくる「第二世代」がある。スーパーコンピュータによるシミュレーションを活用して抗体医薬品の基本構造の設計を行う手法は、日本で発生率の高いがん（肺、大腸、胃、肝臓、膵臓、前立腺、乳腺）や、再発・転移した進行性がんに対しても副作用の少ない画期的な「第三世代」の抗体医薬品による治療を、将来的に可能とすることを目的としたものとなっている。この研究では、世界で初めて、がん細胞の一部である抗原（タンパク質）と抗体（タンパク質）との相互作用を分子動力学によりシミュレーションし、人工抗体の設計を行う。IT創薬で一般的なシミュレーションと比較して、約10倍と膨大な量の計算が必要となるため、短期間でシミュレーションを行えるスーパーコンピュータが導入された。
本システムの活用により、従来の実験による研究開発プロセスでは3～4年間かかっても実現が難しいとされていた人工抗体の設計を、わずか数か月で行えることを目的としている。また将来は、この成果を元に、次世代スーパーコンピュータ（京速コンピュータ「京」）を活用して、さらに多くの抗体医薬品の開発を行うことを目指す。
《冨岡晶》
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