「とある美琴の目覚時計」は、作中セリフのパロディから全く新しい目覚まし用ボイスまで、「美琴」の声で目覚めることができる目覚ましアプリ。「美琴」の目覚ましテンションを「通常モード」「ツンデレモード」「ツンツンモード」「ランダム」から選べるほか、自分のお気に入りの画像を目覚まし時の画像として設定できる「画像設定モード」を搭載している。「御坂美琴」のキャラクターボイスを担当する声優の佐藤利奈による30以上のボイスを新規に収録している。
価格は600円で、App Store（iPhone向け）とBIGLOBEが運営するアプリマーケット「andronavi」（Android向け）で購入できる。iPhone版とAndroid版では収録している画像及び一部機能が異なっている。
