TOKIOが『ジャニーズカウントダウン』で司会を務めるのは10年ぶり。各アーティストがファンや視聴者、そして関係者など、2016年を支えてくれた人たちへ今、一番贈りたい曲を歌う新企画「サンキューメドレー」にて、TOKIOが新曲「愛！ wanna be with you…」を、KinKi Kidsがファン投票1位曲として2007年発売のベストアルバム「39」にも収録された「愛のかたまり」を、NEWSが再出発ソング「フルスイング」を、Kis-My-Ft2が「Thank youじゃん！」を歌うことが決定した。
『ジャニーズカウントダウン2016-2017』は12月31日（土）午後11時45分～深夜24時45分放送予定。
