CiNiiをめぐっては、検索・閲覧できない論文が本稿執筆時点において多く存在しており、かなりの数のユーザーが困惑。「Ciniiなんかあったの？」「え？CiNiiで論文探せなくなるの」「Cinii廃止されるとか嘘でしょ」「（卒論）やばくね？」などの声が広がっているが、国立情報学研究所によれば、これは「コンテンツの移行」を進める中で起こった事象とのこと。サービスそのものが廃止されるわけではないものの、「移行済みの論文はCiNii Articlesにおいて論文PDFファイルのダウンロード先のリンクが表示されますが、現在移行作業中の論文についてはダウンロードを行うことができません」と説明しているほか、今後については、「論文PDF提供サービスの終了」を案内している。
現在、同研究所は論文の移行時期について、公式ウェブページ上にて公開中。その多くは2017年度公開予定となっているが、具体的な公開日時については明かされていない。なお、サービスの"移行期間"という理由ながらも、こうした事態を招いた対応について、ネット上では、「移行に手間取り空白期間ができるのはまったく褒められません」「PDF公開止めるなら移行先が完成してからやって欲しいよなあ」などといった声が寄せられている。さらに、PDF提供サービスの終了については、「PDF見れないのはきついね」「広範な影響と将来の芽の育成に損失は大きい」「卒論完成しない」「勉強できない」といった切実な反応が多くみられる。CiNiiの公式Twitterアカウントは、今後について、「各機関と協力し情報発信を進めてまいります」と説明している。
CiNii廃止？なくなるの？といったコメントをいただき大変お騒がせしております。検索サービスは今後も継続します。論文PDF提供サービスの終了と他機関への移行作業のため、現在アクセスできないファイルが多数存在しています。この点については各機関と協力し情報発信を進めてまいります。
— CiNii（さいにぃ） (@cinii_jp) 2017年4月5日
