同番組は、日本中の天才「ナゾ」クリエイターから続々と届く謎解きで、頭を柔らかくするクイズ番組。中でも、現役東大生による謎解き制作集団AnotherVisionが仕掛ける「東大ナゾトレ」は小中学生を中心に大きな話題となっている。MCを務めるのは、上田晋也（くりぃむしちゅー）。ほか、有田哲平（くりぃむしちゅー）、タカアンドトシ、柳原可奈子らレギュラーメンバーにくわえ、ミステリー作家やインテリ芸能人、はたまた知識は無くとも「ひらめきには自信あり！？」なゲストたちが競い合う。
これまで番組では、正解するごとに獲得できる「ナゾトレIQ」の合計をレギュラー回答者＋ゲスト数名が個人で競う「個人戦」対決と、回答者たちを2つに分けて競う「チーム戦」対決が基本のパターンだったが、先週（8月28日放送回）から新たに、「ナゾトレIQ」の合計が高いペアが優勝となる「ペア戦」がスタートした。そして、9月4日の放送でも、先週に引き続き、「ペア戦」で2時間スペシャルが届けられる。
「長嶋一茂・石原良純ペア」「有田・森泉ペア」「柳原・叶美香ペア」「タカ・丸山桂里奈ペア」「トシ・宇治原ペア」がさまざまなナゾトレに挑戦する。長嶋・石原ペアは、序盤から二人の意見が対立し、分裂の危機が！？さらに、「そっくりさんナゾトレ」や「メイクナゾトレ」のほか、偉人の子孫が登場する「家系図ひらめきナゾトレ」や、“ひふみん”の愛称で親しまれる将棋棋士・加藤一二三が、“元気が出る名曲”の歌詞を読み上げ、そのタイトルを当てる「元気が出る歌No.1ナゾトレ」などで、予想以上の盛り上がりを見せる。勝負の行方は、最終ステージ「東大ナゾトレ」に？！
スペシャルということもあって、いつも以上の「自信作」を持ってきたという東京大学謎解き制作集団「AnotherVision」の松丸亮吾（ 東京大学在学中）は、今回の問題について、「今回の問題はコプライムくん（AnotherVisionメンバー）が作ったのですが、ブレイクスルーというか、東大ナゾトレの可能性がまた広がったのではないかと思っています」と自信をのぞかせ、「（この番組・コーナーが始まって）ちょうど50回を迎えるタイミングに、“そろそろまた新しいことをやりたいね”とみんなで考えていたところだったのですが、52回目となる今回のスペシャルでそれが叶いました。ちょっと難しいかもしれませんが、ぜひチャレンジしていただきたいですね」と呼びかけている。
『今夜はナゾトレ 2時間SP』は、9月4日よる7時からフジテレビ系で放送。
