同財団は、「新型コロナウイルス（COVID-19）については日本国内においても感染が確認されています」とした上で、「東京マラソン2020の開催に向け、感染症対策等の準備を進めておりましたが、東京都内における複数の感染者が確認される中、多くの一般ランナーが参加する本大会を実施することは困難であるとの結論に達しました」と説明。「マラソンエリート及び車いすエリートの部のみを開催することといたしました」と決定を伝えた。
なお、一般ランナーへの参加料及びチャリティ寄付金は募集要項のエントリー規約に基づいて返金されないが、今回限りの措置として、翌年の東京マラソン2021に出走可能。ただし、東京マラソン2021にエントリーする場合は、別途参加料の入金が必要となる。
