2008年6月30日にスタートした同番組。同日放送の冒頭では、スタジオにくす玉が登場し、放送開始当初から出演している円広志がくす玉を割ると「祝『よ～いドン！』3000回放送」と書かれた垂れ幕が。円は「まだまだこれから頑張っていきたいですね。このままいくんちゃうかな、あと10年でもいけるかもしれんで。何でか言うたらね、前かがみでもやっていけるねん（笑）」と話し、スタジオの笑いを誘った。
さらに円は「毎日スタジオに来るのがすごく楽しみです。そうやって噛みしめるように1日、1年と過ごしてきて、日々の積み重ねが3000回という回数になって、本当にありがたいです」としみじみ。今後、番組でやってみたいことを聞かれると「やり残したこと、たくさんあるんです。僕らが『となりの人間国宝さん』のロケに行って”国宝さん”とお話できるのは1時間くらいなんですけど、その人の人生がその1時間で完結することってないんですよね。このあと、人生の続きが必ずあるわけじゃないですか。そういうのを考えると”あの人何してるのかなあ”って、まだまだ興味が沸いてきますね」と、目を輝かせた。
なお、これを記念して4月27日から「となりの人間国宝さん」のコーナーでは、「となりの人間国宝さん、その後 皆さんお元気ですか」と題して、これまでの国宝さんのその後に迫ることが決定。さらに29日には、放送3000回を記念し『よ～いドン！祝3000回突破SP』が10分拡大で放送予定。
