2008年6月30日にスタートした同番組。同日放送の冒頭では、スタジオにくす玉が登場し、放送開始当初から出演している円広志がくす玉を割ると「祝『よ~いドン!』3000回放送」と書かれた垂れ幕が。円は「まだまだこれから頑張っていきたいですね。このままいくんちゃうかな、あと10年でもいけるかもしれんで。何でか言うたらね、前かがみでもやっていけるねん(笑)」と話し、スタジオの笑いを誘った。
なお、これを記念して4月27日から「となりの人間国宝さん」のコーナーでは、「となりの人間国宝さん、その後 皆さんお元気ですか」と題して、これまでの国宝さんのその後に迫ることが決定。さらに29日には、放送3000回を記念し『よ~いドン!祝3000回突破SP』が10分拡大で放送予定。