『バイキング』では、坂上忍がこれらの手作業確認について「もはやオンラインじゃないよね」など呆れ顔。『グッディ!』では、マイナンバーカードと銀行口座が結びついていないなどカード自体の活用方法の問題点も指摘された。しかしMCの安藤優子は「マイナンバーと口座が結びついていても、この問題は解決しない。そもそも(申請の際)口座番号のコピーを添付しろと書いてあるじゃないですか?口座番号をもたない人や、住所を持たない人など救われなきゃいけない人はどうなっちゃっているのか」「政府の頭の中に、こういう人たちを救おうとか、痛みを共有しようとか気持ちはないんですかね」と怒りのコメント。住所を把握しているのは市町村であって国が住所を把握しているわけではないという説明があり「これが日本のシステム。だから市町村の方で考えるしかない」とのコメントにも安藤は納得せず「うーん…でも国民全員に配るといったのは安倍さんじゃないですか?やっぱり配ってほしいと思うんですよ」と話した。
オンライン申請については、マイナンバーカードのパスワードを忘れた、署名用電子証明書の有効期限が切れているなどの理由で再申請に行く人も増えており問題になっていた。
静岡県浜松市では「早期特別申請」などとして、必要な人に独自の取り組みで早めに渡す策を講じている。