まずは、戦国武将、明智光秀にフォーカス。なぜ光秀は、主君の織田信長を「本能寺」で討ったのか。400年以上経った今でも、それは“謎”とされ、さまざまな説が立てられてきた。今回は、近年見つかった資料や、特別公開となる遺品の数々をひも解き「実は光秀に“本能寺の変を指示した”有名人物がいた！？」といった説や、「この事件に隠された“光秀の思い”」に深く切り込んでいく。社会科の教員免許を持つあばれる先生が「本能寺の変」の謎を追い続けている3人の専門家と共に徹底取材。なぜ、あの日「本能寺の変」は起きたのか？
さらに、京都の「近江屋」で何者からか襲撃を受け、わずか33歳という短い生涯に幕を閉じた、幕末の風雲児・坂本龍馬にもフォーカス。龍馬を暗殺した犯人はいまだ謎とされている。番組では、大河ドラマなどで時代考証を務める歴史学者、東京大学史料編纂所・本郷和人教授と共に“龍馬暗殺に隠された謎”に迫っていく。
