発表によると、iTune 7.0.2はWindows Vista上でも動作するが一部で互換性問題が発生しているため、今後、数週間のうちにリリースする次期バージョンの発表までWindows Vistaへのアップグレードを控えるよう呼びかけている。
・Windows 2000/XPからWindows Vistaにアップグレードした場合、iTunes Storeで購入したコンテンツが再生できない場合がある。
・iPodの「ディスクとして使用する」オプションが無効の場合、iPodソフトウェアの更新や復元、iPodの設定変更などができないことがある。
・iPodの「ディスクとして使用する」オプションが無効、かつ「音楽を同期」オプションを有効にしている場合、同期を行う前にiPodの再接続が必要になることがある。
・タスクトレイの「ハードウェアの安全な取り外し」アイコンからiPodの取り外しを行った場合、iPod内のデータが壊れる場合がある。iPodを安全に取り外すには、常にiTunesの「コントロール」メニューから「iPodの取り外す」を利用する。
・Cover Flowの動作が遅い場合がある。
・アドレスデータとカレンダーがiPodに同期されない場合がある。
また、次期バージョンのiTunesがリリースされる前にWindows 2000/XPからWindows Vistaにアップグレードする場合は、以下の手順が推奨されている。
1.iTunes Storeアカウントの認証を解除する
2.iPodの「ディスクとして使用する」オプションを有効にする
3.古いiTunesをアンインストールする
4.Windows Vistaをクリーンインストールする
5.最新版のiTunesをインストールする
6.iTunesを実行する
7.iTunes Storeアカウントを再認証する