21日深夜放送の同番組内で、9月25日深夜の放送をもって終了することを明かしたナイナイ。20年以上続いた人気番組の終了は多くのファンを驚かせ悲しませた。
太田は26日に放送されたラジオ番組「JUNK爆笑問題カーボーイ」(TBSラジオ)で、ナイナイの番組終了の話題に触れると、ナイナイの降板が局側の都合だと考えたらしく、「LF(ニッポン放送)、芸人切るようになったら、もうダメだな」と批判していた。
しかし28日深夜放送の「オールナイトニッポン」で、矢部浩之は「『ナインティナインのオールナイトニッポン』を終わりたい」と言ったのは、僕なんです」と、終了が自身の意向だったと説明。「ニッポン放送はもちろん、岡村さん、スタッフのみなさん、そんなことは一切思ってないんですよ」とした。
太田の発言を受けた岡村隆史が、「爆笑の太田さんが、LFに噛み付いたことが、今となっては……申し訳ないです(笑)」と詫びると、矢部も「芸人愛が強い方なんで、そう思ってしまったんでしょうね」と太田をフォロー。そして岡村が太田に向け、「すみません、本当に(笑)」と謝罪した。