まず、9.3では、Apple IDとパスワードの入力を的確に行わないと、アクティベーションできなくなるというトラブルが発生。こちらは一時停止後の再配信ではクリアされた。
一方、Safariなどで、リンクをタップしても反応しない、アプリがフリーズするという不具合が報告されていた。これに対してAppleはバージョンアップで解消する旨を発表しており、3月31日深夜に、改めて「iOS 9.3.1」が公開された。
「iOS 9.3.1」は、純粋に“リンクフリーズ問題”にのみ対応したとみられ、それ以外の修正点の説明はない模様。アップデートファイルのサイズは20~30MBほどで、ダウンロードは短時間だが、通常のアップデートと同じくリセットなどは行われるので、それなりに作業時間は必要だ。アップデートは、ワイヤレス、またはiTunes経由で可能。