ストーリーはまず、江戸幕府3代将軍・徳川家光の時代から「赤面疱瘡」と呼ばれる奇妙な病が日本中に広がっていった。この病は“若い男子にのみ”感染し、感染すれば“数日で死に至る”恐ろしい病であった。対処法も治療法も発見されず、結果として男子の人口は女子の4分の1にまで激減し、日本の社会構造は激変した。男子は希少な種馬として育てられ、女子はかつての男子の代わりとして労働力の担い手となり、あらゆる家業が女から女へと受け継がれるようになる。江戸城でも3代将軍家光以降、将軍職は女子へと引き継がれ、大奥は将軍の威光の証であるがごとく希少な男子を囲い、俗に美男3千人などと称される男の世界が築かれていく。
次に、5代・綱吉の時代。江戸市中で赤穂事件や生類憐みの令も手伝って評判が下落し、善政を敷けず世継ぎも作れない自分はなぜ生きているのかと慟哭する綱吉を、大奥総取締・右衛門佐は「生きるという事は、女と男という事は！ただ女の腹に種を付け、子孫を残し、家の血を繋いでいく事ではありますまい！」と抱きしめる。
最後に、8代・吉宗。貧乏旗本の息子・水野祐之進は幼馴染の薬種問屋の跡取り娘・信と添い遂げることが叶わぬなら...と大奥入りを決意。そして、紀州徳川家から将軍となり、幕府の逼迫した財政を大胆に再建しようとしていた吉宗から、大奥で最初に声がかかる。しかし、将軍の最初の相手である「御内証の方」は死なねばならぬと知り、吉宗はある策を講じる。各キャストは現時点で明かされていないが、9月から各将軍編に登場する“主要キャスト”が発表予定とのこと。
